Шымкент қаласының аймағы жүздеген жылдар бойы көптеген тарихи оқиғалардың куәсі болған. Қала бірнеше рет басқыншылардың жойқын шабуылдарына ұшырған. Шыңғыс хан жорықтарға жасақтарымен қала арқылы өтіп, ақырында Шымкент Шыңғыс хан ұрпақтарының қол астына өткен. Ақ Орда және Алтын орда хандары жүргізген соғыстардың нәтижесінде қала Әмір Темірдің қол астына кіреді. 15-ғасырдың басынан Шымкент 18-ғасырдың жартысына дейін жоңғар шапқыншылығының тонауына ұшырайды. Сансыз соғыстар мен өзара тартыстар жергілікті халықтардың өміріне қайғы-қасірет әкелгенімен, Сайрам оазисі-жер өңдеу мен бау-бақша және қол өнері өркендеген аймақ болып қала берді.
17-ғасырда және 19-ғасырдың бірінші жартысында Шымкентті билеп алу мақсатында Қоқан және Бұқар хандықтары күрес жүргізді. 1810-1864 ж.ж. Шымкент Қоқан хандығының билігіне өтіп, хан өкілінің резиденциясы болды. Мұнда Қоқан әскерлерінің саны жағынан үлкен гарнизоны тұрақтап, қала негізінен әскери қамал ретінде пайдаланылды. 1864 жылы қала орыс әскерлерінің тіке шабуылымен алынды. Қазақстан мен Орта Азияның Ресейге осылуы аяқталған соң, Шымкент Жаңақоқан бағытының құрамында болып, соңынан Түркістан уезінің , ал 1867 жылдан Түркістан генерал-губернаторлығына қарасты Сырдария облысының уездік қаласы болды. Осы кезден бастап Шымкент Еуропалық Ресей мен Батыс Сібірді Орта Азиямен жалғайтын, маңызды транзиттік мекенге айналды. XIX ғасырдың соңында қалада сауда-саттық дамыған: - 19 мануфактуралык, 70 ұсақ-түйек дүкені, 50 шайхана, 10 керуен сарай, 9 тамақ-тандыру орны, 27 ұн дүкені, ал XX ғасырдың басында - 3 май шайқататын, 5 тері илейтін, 15 кірпіш шығаратын, 26 диірмен, 4 мақта тазалайтын, ұсақ өнеркәсіп, 15 ұстахана және 15 сабын қайнататын өндіріс орындары бар үлкен өнеркәсіп қалаға айналды.