Екі мың жылдан астам тарихы бар Шымкент пен Сайрам қалалары жоңғар шапқыншылығы мен қоқан хандығының кезінде талап-тонауға түскен. Бұл туралы жазушы Мархабат Байғұт өзінің «Түркілер төрі Түркістан» кітабында атап өтеді.
-Тарихи мәліметтерден білетіндеріңіздей, XVII ғасырдың соңы мен XVIII ғасырда Сайрам, өзге де қазақ қалалары мен ауыл-аймақтары, жайлаулары секілді жоңғар шапқыншылығының зардабын тартады. 1684 жылы Себан Рабдан, 1723 жылы Қалдан Цереннің ұлы Шоне Дабе басып алып, тонайды. Талайды. Мыңдаған қазақтарды тұтқындап әкетеді. Жоңғар-қалмақтар біраз билеушілері мен аз ғана әскерін қалдырып, Іле өңіріндегі көтерілісті реттеуге кеткенде, сайрамдықтар бұл жақта да көтеріліп, басшылықты өз қолдарына алады. Қалмақтар қайта оралып, Сайрамды қайтадан қаратып, одан сайын қанап, тонайды. 1810 жылы Қоқан хандығы күшейіп кетіп, шығысқа қарата шабуылын үдетеді. Осылайша Сайрам мен Шымкент шаһарлары қоқандақтардың қоршауында қалады. Жиырма күннен кейін Қоқан хандығына қарауға мәжбүрленеді. 1816 жылы қоқандықтар Түркістан қаласын да басып алады. Шымкент пен Сайрамда әскери гарнизондар жасақтап, қорғаныс шептерін жасайды. 1821 жылдан бастап Қоқан билігі бүкіл Оңтүстік Қазақстанға берік орнығады. Шымкент пен Іле өзеніне дейінгі аралықта бекіністер салады. Сайрам қаласы қауқарынан айырылып, бірте-бірте Шымкент шаһары қуаттана бастайды. Шымқала аймақ орталығына айналып, Сайрам өңірдегі бірінші қала болудан қалады. Шымкент аймағына Сайрам, Қарабұлақ, Қарамұрт, Манкент ауылдары кіреді. Әрине, тарихи Сайрам рухани-діни орталық сапасынан айырылмады. Балдар-ей, айта берсек, Манкент, Қарамұрт, Қарабұлақ ауылдарының да өзіндік өзгеше тарихтары тереңде жатыр. Қоқан хандығы жаулап алған жерлері есебінен еселеп байыды. Жергілікті қалалар мен қыстақтарда, ауылдарда мешіттер салынды. Шымкент шаһарында, сондай-ақ Сайрам мен Түркістан қалаларында да мешіттер мен медреселер пайда болды. Архитектурада негізінен Ферғана сәулет өнері мектебінің әсері қатты білінді. Дейді зерттеушілер. Ондай елеулі ескерткіштердің қатарына Сайрамдағы Қожа Салих пен Қыдыр пайғамбар мешіттерін және Шымкентте салынған, бірақ бертінде қиратылған Қошқар ата кесенесі мен Жұма мешітін жатқызады,-деп жазған жазушы.